آیت‌الله سید احمد خاتمی در آغاز درس خارج خود در مدرسه فیضیه  گفت: متأسفانه در حوادث اخیر دیدیم که شخص مقام معظم رهبری مورد هجمه قرار گرفت ولی هیچ محکومیتی و بیانیه‌ای مشاهده نکردیم. استاد حوزه علمیه قم تصریح کرد: آنها که یقه می‌دراندند به این که به یک روحانی توهین شده است اینجا این همه اهانت را می‌شنوند و می‌بینند اما فریاد بر نمی‌آورند، این اسمش غربت است.
خاتمی با بیان اینکه غربت در اوج، گزنده‌ترین غربت‌ها است بیان داشت: ما در زمان حضرت امام شاهد بودیم وقتی ایشان به موضوعی اشاره می‌کردند حوزه به پا می‌خواست اما متأسفانه در حوادث پس از انتخابات رهبری با صراحت مطالب را بیان می‌کند اما متأسفانه کک بعضی‌ها هم نمی‌گزد. استاد حوزه علمیه قم با محکوم کردن اهانت به حضرت امام (ره) و با تأکید بر اینکه در اهانت به حضرت امام (ره) و پاره کردن تصویر ایشان هیچ جای انکاری وجود ندارد خاطر نشان کرد: متأسفانه مؤسسه تنظیم نشر آثار امام که باید مدافع حرمت امام باشد بیانیه داده‌اند که اصلاً اهانتی به امام نشده است. حال که همه شبکه‌های خارجی اهانت صورت گرفته به حضرت امام را پخش کرده اند و باید این مؤسسه در خط مقدم دفاع از امام باشد متأسفانه به جای این که هتاکان را محکوم کنند صدا و سیما را محکوم کرده اند که این موضوع عجیب است.
وی بیان داشت: مگر امام نفرمود جمهوری اسلامی نه یک کلمه کم و نه یک کلمه بیشتر، چطور این مؤسسه در قبال شعارهای انحرافی روز قدس و 16 آذر موضع نمی‌گیرد.  مگر آرمان امام، آرمان فلسطین نبود؟ آرمان فلسطین را امام احیا کرد چرا مؤسسه تنظیم نشر در قبال شعار نه غزه نه لبنان که یک شعار صهیونیستی بود موضع نگرفت و حالا که صدا و سیما در حمایت از امام راحل به میدان آمده به جای اینکه هتاکان را محکوم کنند رسانه ملی را محکوم می نمایند.
وی تأکید کرد: بنده از آقای سید حسن خمینی به جد می‌خواهم که ناهمراهان با امام را از این مؤسسه تصفیه کند.
خاتمی با بیان اینکه مؤسسه‌ای که همه حیثیت آن از امام است در حوادث پس از انتخابات بد عمل کرد، افزود: اگر به رهبری اهانت شود جای ناراحتی ندارد؟! آیا برای آنها اهانت به مقام معظم رهبری قابل تحمل است، چرا محکوم نمی‌کنند.
امام جمعه موقت تهران در بخش دیگری از سخنانش با بیان اینکه ما این حوادث را مقطعی ندانسته و زنجیره‌ای می‌بینیم اظهار داشت: بذر حوادث پس از انتخابات قبل از انتخابات نشانده شد.
وی تأکید کرد: آنها از قبل برنامه‌ریزی کرده بودند که اگر در انتخابات پیروز شدند علیه رهبری شمشیر از رو بکشند چونان که در تظاهرات 25 خرداد نیز یکی از سران فتنه گفته بود اگر رهبری همه این تظاهرات را ببیند عقب نشینی می‌کند.
خاتمی با بیان اینکه آنها گفته بودند اگر پیروز شدیم فتیله ولایت فقیه را به زیر می‌کشیم، ادامه داد: یکی از سران فتنه به ژاک شیراک گفته بود مشکل شما ولایت فقیه و رهبری است والا ما اهل تغییریم.
امام جمعه موقت تهران با یادآوری تأکیدات بنیانگذار کبیر انقلاب مبنی بر ضرورت پشتیبانی از ولی فقیه از برخی اقدامات انتقاد کرد و گفت: مگر سران فتنه بعد از انتخابات کم با ولایت فقیه مخالفت کرده و علیه نظام بیانیه داده اند. وی ولایت فقیه را متن صریح قانون دانست و گفت: آنها در مقابل این قانون ایستاده اند. خاتمی با بیان اینکه سران فتنه ضد ولایت فقیه هستند افزود: اخیراً یکی از سران فتنه گفته است ما باید منتقد باشیم و مخالف معرفی نشویم حرف من این است که شما ضد ولایت فقیه هستید. استاد حوزه علمیه قم ادامه داد: ما اطلاع داریم سران فتنه در انتخابات گفته اند که باید کمر آقا را بشکنیم، رهبری را باید از تخت به زیر بکشیم با این سخنان باز هم می‌گویند ما منتقدیم و مخالف نیستیم.
خاتمی با بیان اینکه این افراد بنای بر ادامه فتنه دارند خاطر نشان کرد: اینها همان جماعتی هستند که می‌گفتند علیه خدا هم می‌شود تظاهرات کرد و به امامان معصوم هم می‌شود اعتراض کرد اینها همان افرادی هستند که در سال 79 که یک شخص گفت باید افکار امام را به موزه تاریخ برد سکوت کرده و از این عنصر فاسد حمایت کردند.